Die drei Schlüsselschwertträger Terra, Aqua und Ventus werden von ihrem Meister Eraqus auf die Suche geschickt, als der weise Meister Xehanort und sein Schüler Vanitas verschwinden.
Bald jedoch trennen sich ihre Wege, als jeder der Drei gezwungen wird, seinen eigenen Platz in der Geschichte einzunehmen. Denn Meister Xehanort und seine Gefolgsleute haben eigene Pläne für Terra, Ventus und Aqua und mit einem legendären Schlüsselschwert, mit dessen Hilfe angeblich das Herz aller Welten geöffnet und die Dunkelheit entfesselt werden kann.
Nun kommt es auf die Stärke der drei Herzen an, ob das Licht in der Welt gerettet werden kann – und welche Opfer dafür nötig sind.